De uma breve convivência a uma sincera amizade entre Silvio Azevedo (Silvão) e Eduardo Basílio (Rosas de Ouro), a partir de 1997, nasceu a ideia de se montar uma escola de samba no distante bairro do Grajaú, para que os sambistas do extremo sul não mais tivessem que atravessar cidade para curtir um bom samba. Um grupo de amigos, formado por Silvão, Machadinho, Talita Galbiati, entre outros, concretizaram a ideia da formação do G.R.C.E.S. Estrela do 3º Milênio em 1998, sendo Silvão eleito o primeiro Presidente, hoje, o atual presidente é o Gilberto Rodrigues (Giba).

Aproveitando o espaço de uma casa de show com o nome “Corujão” para ensaiar, foram dados os primeiros passos e adotado a Coruja como símbolo da agremiação, pois só com muita sabedoria seria possível tocar o projeto adiante.

Em 1999, foi realizado o primeiro desfile nas ruas do bairro; em 2001, o primeiro desfile pela vaga aberta, atual grupo 4 da UESP (União das Escolas de Samba Paulistanas), subindo posições, a partir daí. Num desfile memorável em Interlagos, sagrou-se campeã do grupo 2 no Carnaval de 2008.

Em 2009, a Estrela do 3º Milênio sofreu um duro golpe. Em meio aos preparativos para o primeiro desfile no Sambódromo do Anhembi, foi descoberto um desfalque nos recursos da entidade pelo presidente da época, que foi imediatamente afastado. Assumindo novamente, a Diretoria de fundação conseguiu manter a escola no Grupo 1, tornando-se Campeã no ano de 2011, conquistando um lugar junto às escolas do Grupo de Acesso da Liga.